Kemarin baru aja diskusi lagi dengan pak Ari setelah sekian lama tak jumpa dengan pak Ari karena akunya sendiri memang lagi sibuk docking dan me-review bahan-bahan skripsiku yang dulu (dengan disambi belajar beberapa bahasa pemrograman sebagai selingan tentunya). Saat bertemu dengan pak Ari, seperti biasa, selain membicarakan perihal skripsiku kamipun berbicara mengenai banyak hal, pengalaman-pengalaman masing-masing, mengenai dosen-dosen di sini, perkembangan dunia komputasional baik di dalam maupun di luar negeri, serta mengenai beberapa pandangan, persepsi dan filosofi.

Salah satu hal yang menarik dari pembicaraan kami ialah saat pak Ari menceritakan pengalaman pak Ari sendiri. Beliau bercerita, pada awalnya pak Ari bukanlah seseorang yang ‘doyan’ dengan kimia komputasional, bahkan pak Ari sendiri sebenarnya malah merasa takut dengan banyaknya angka-angka dan perhitungan dalam kimia komputasional. Saat beliau mengerjakan tesisnya beliau mengambil topik pembuatan asap cair dari limbah pertanian (sekam, jerami, dll.). Saat itu beliau membuat sebuah reaktor asap cair senilai lebih dari empat juta rupiah (saat sebelum krisis moneter), wow… Sayangnya ternyata hasil yang didapat kurang konsisten, padahal pak Ari sendiri sudah lama sekali mengerjakan tesisnya. Akhirnya karena sudah dikejar-kejar waktu akhirnya pak Ari banting setir ke kimia komputasional, kalau tidak salah beliau membuat model QSAR dari senyawa-senyawa analog curcumin sebagai antioksidan. Dan alhasil penelitian beliau selesai dalam waktu sekitar dua bulan.

Jika dipikir-pikir, seandainya pak Ari sukses dalam membuat reaktor tersebut, maka pak Ari tidak akan mengenal apa itu kimia komputasional yang saat ini malah begitu digandrunginya. Selain itu, tidak mungkin pak Ari akan mengajar di fakultas Farmasi UGM tercinta ini di mata kuliah Farmakokimia (A.K.A. Kimia Medisinal). Dan skripsiku-pun tidak akan banting setir dari farmakologi ke kimia komputasional karena tidak adanya pembimbing yang memenuhi kualifikasi tersebut. Itulah sesuatu yang disebut pak Ari, “hikmah di setiap peristiwa”. Beliau berkata padaku bahwa beliau tidak pernah menyesali segala sesuatu yang terjadi padanya. Suddenly I become convinced with the answer of the question “What will you do if you have time machine?”, orang-orang yang merasa banyak pengalaman pahit di masa lalunya dan tidak bisa menerimanya akan menjawab “aku akan kembali ke masa lalu untuk memperbaiki kesalahan-kesalahanku di masa lalu”. That was something that across my mind actually… kemudian aku berpikir, bila aku kembali ke masa lalu dan memperbaiki kesalahan-kesalahanku mungkin aku tidak akan bisa seperti aku yang sekarang. Di sisi yang lain aku masih ingin kembali ke masa lalu karena banyak kesalahan-kesalahan yang telah kubuat di masa lalu yang aku sendiripun masih sulit memaafkannya, dan mungkin demikian juga dengan orang-orang di sekitarku. Tapi setelah mendengar kata-kata pak Ari, kini aku yakin, bahwa aku tidak lagi membutuhkan mesin waktu.

Sekarang marilah beralih menuju perjalanan hidupku selama aku mengerjakan skripsi. Jika aku me-review skripsiku, skripsiku sebenarnya sudah dimulai saat semester 5, lebih tepatnya bulan maret 2008. Sebelum aku KKN pada bulan juli 2008 sebenarnya sintesisku sudah selesai sejak lama dan bisa langsung analisis struktur dengan NMR & GCMS, tapi karena kami adalah tim maka kami akan mengerjakan semuanya bersama-sama dan mengirimkan hasil sintesis untuk analisis NMR & GCMS bersama-sama pula. Do I blame them because they’re taking too long? Of course not, I was happen to be lucky to get the easiest one to synthesize that night (the night when we toss on who get what to synthesize). Siapapun bisa mendapatkan siklopentil- ataupun sikloheksil-teobromin yang demikian sulit untuk disintesis. Saat awal 2009 akhirnya kami telah menyelesaikan tahap sintesis dan kamipun beralih ke farmakologi, namun ternyata hasil dari alat yang kami pakai tidak konsisten. Pada suatu ketika Jimmy sempat berdiskusi dengan bu Ratna (pembimbing skripsiku di bidang sintesis), kemudian bu Ratna ingin kami mengganti uji in-vitro menjadi in-silico. Dan pak Ari diminta menjadi pembimbing kami bertiga (aku, Jimmy, Gini). Pada awalnya untuk mengetahui mekanisme aksi turunan xantin sebagai antiasma kami menggunakan metode docking, tapi setelah menganalisa target-target protein yang ada, tidak semuanya tersedia di PDB. Sehingga akhirnya aku dan Gini menggunakan metode homology modelling untuk memodelkan struktur 3D dari protein target kami. Dan akhirnya kami berdua (atau Gini lebih tepatnya karena dia selesai lebih awal) adalah yang pertama dalam menggunakan homology modelling untuk skripsi.

Untuk sebuah skripsi, sejujurnya dua variabel (sintesis dan uji in-vitro/in-silico) sudah “terlalu bagus”. Apalagi sampai menggunakan homology modelling, I must say that it is too much. Tapi mau bagaimana lagi? Akhirnya aku dan Gini menggunakan homology modelling. Dalam setiap paper yang melibatkan homology modelling aku selalu melihat bahwa metode homology modelling selalu bersebelahan dengan metode molecular dynamics, karena model protein yang dihasilkan dari metode homology modelling biasanya masih “diragukan kebenarannya” maka perlu dilakukan eksplorasi konformasi dengan molecular dynamics. Namun metode molecular dynamics adalah metode yang bisa dikatakan “terlalu berat” untuk mahasiswa S1 seperti kami, sehingga Gini memutuskan untuk tidak melakukannya. Aku? Di sinilah aku yang dengan entengnya memutuskan untuk melakukan molecular dynamics… sehingga akhirnya kolega-kolegaku memberiku label “idealis”.

And that was the beginning of this story. Setelah hampir empat tahun aku belajar di kampus Farmasi UGM tercinta ini akhirnya aku “berhasil” meraih gelar “idealis”. Yang lebih sensasional lagi ialah saat beberapa temanku mengatakan aku terlalu mengejar kesempurnaan, sehingga beberapa temanku dengan terang-terangan memintaku untuk tidak perlu terlalu bagus. Itu adalah situasi yang terlihat di kedua mataku, tapi pada kenyataannya aku tahu, apa yang nampak tidaklah berbeda dengan gunung es yang mengapung di lautan, di balik semua itu mungkin sudah banyak kolega-kolega yang memandangku perfeksionis. Is it right? Is it right to not doing things in the correct way? Adalah betul bahwa dengan tidak melakukan molecular dynamics aku akan menyelesaikan skripsiku dengan tepat waktu. It makes me think so hard, I do really think so hard about this question:

If they are in a quest to build a GPCR model and have to validate it, and if they know that everytime they build a 3D model of a protein they must explore its conformation, and if they read the papers that I read, will they keep telling the same to me? Will they?

While trying to answer that question, I came to two conclusion. The first one is, the crazier your maneuver the harder people could understand you. The second is, to judge correctly you need the complete knowledge of the thing that you judge. And for the question above? I still don’t have the answer… Anyway… One thing for sure, knowledge affect perception…

Benar dan Sempurna adalah dua kata yang berbeda, aku yakin anak kelas 5 SD pun tahu itu (merujuk ke acara TV “Are You Smarter Than a 5th Grader?”). Okay, mungkin aku memang idealis, karena aku selalu berusaha untuk menegakkan apa yang kuyakini sebagai kebenaran. Aku sendiri tidak mengira kalau aku ini seorang idealis, akupun tak begitu mengerti apa itu idealis hingga orang-orang di sekitarku mengatakan bahwa aku ini idealis. Mungkin aku tidak akan pernah mengerti apa itu idealisme sampai aku bertemu dengan persoalan hidup yang benar-benar hebat seperti yang baru-baru ini kuhadapi. Pada dasarnya, aku hanyalah orang yang suka hidup di tepian, ah… that’s right, I love the edge, especially a cutting edge… berada di tepian di mana terdapat begitu banyak resiko, menemukan banyak hal baru dan tak terduga serta menantang untuk ditaklukkan, the place where you could easily fall at the edge… and die perhaps… Masalahnya ialah, di saat kau berada di tepian seringkali kau mungkin secara tidak sengaja ikut menyeret orang-orang disekitarmu untuk menemanimu di tepian. Membawa mereka keluar dari zona nyaman mereka. If you’re lucky, that person will happily accompany you, if you’re not that person may begin to feel uncomfort or worse they can get hurt, in the worst case scenario, when you fall you will take other person with you and die together. Idealisme memang hebat, dengan idealisme kita bisa merubah dunia, but it is like a fire actually, it is not only put yourself on fire (and maybe others too), but it can also hurt everyone around you, since what you want is not always what other want.

Hal-hal seperti itulah yang menyebabkan beberapa kata seringkali melintas di benakku belakangan ini, kata-kata itu adalah ideal, practical, real dan dream. Banyak orang berkata, “Idealnya sih begini, tapi karena adanya ini ini dan ini maka kita bisanya begini”. Hal ini membuat “Ideal vs Real” terpatri di otakku. Tapi setelah membaca kembali mengenai pendahuluan kimia komputasional dari berbagai buku yang berbeda akupun berpikir kembali. Pada kebanyakan (pendahuluan) buku kimia komputasional seringkali dibahas mengenai berbagai macam “construct” seperti hipotesis, teori, hukum, pendekatan (approximation) dan model. Yang paling menarik perhatianku adalah pembahasan “teori vs model” pada buku Essential of Computational Chemistry – Theories and Models oleh Cristopher J. Cramer. Pada awal pendahuluan, Mr. Cramer membahas mengenai Teori, apakah itu Teori? Menurut yang kutangkap dari tulisan Mr. Cramer, teori merupakan deskripsi dari fenomena di alam di mana deskripsi tersebut telah terbukti dalam berbagai eksperimen, dan deskripsi ini dapat diwujudkan baik dalam persamaan matematika atau bukan persamaan. Teori haruslah dapat diterapkan dalam setiap eksperimen terkait, hal ini menekankan salah satu syarat penting dari teori, yakni generalitas. Teori yang telah terbukti benar dalam jangka waktu yang lama akan mendapat penamaan prestige yang disebut hukum, misalnya hukum Newton. Hukum Newton merupakan hukum fisika dasar yang mendasari begitu banyak fenomena di alam seperti gravitasi, percepatan, inersia, momentum, dll. Meskipun hukum Newton kehilangan generalitasnya pada kondisi kecepatan yang tinggi / mendekati kecepatan cahaya (digantikan oleh teori relativitas) atau pada kondisi mikrokosmos (digantikan oleh teori kuantum) namun karena hukum Newton memberikan hasil yang benar pada banyak kondisi sehingga begitu banyak sistem yang bergantung pada hukum Newton maka hukum Newton tidak kehilangan prestige-nya sebagai hukum, apalagi sebagai teori.

Adalah benar bahwa teori relativitas ataupun teori kuantum memiliki generalitas yang lebih tinggi, atau dalam bahasa awamnya kedua teori tersebut lebih ideal, namun pada prakteknya, kedua teori tersebut kurang praktis. Siapa juga yang mau mengkalkulasi perjalanan pesawat dari Jogja ke Jakarta dengan menggunakan teori relativitas? Dan siapa pula yang mau mengukur kekuatan kayu dengan menggunakan teori mekanika kuantum? That’s insane! Only some mad scientist who expect perfection will do. Di sinilah arti penting dari kepraktisan, so the question is, how practical is it?

Hal-hal seperti di ataslah yang membuatku berpikir ulang tentang “ideal vs real”, setelah dipikir-pikir lawan kata dari ideal bukanlah real, melainkan practical. Sedangkan lawan kata dari real adalah dream. Ke-empat kata tersebut saling berkaitan memang. Idealism usually comes in form of a dream, but a dream doesn’t always an idealism. Penerapan idealisme ke dalam dunia nyata(real) memang acapkali sulit karena adanya gap di antara keduanya. Hal ini bertolak belakang dengan practical yang sudah jelas-jelas terhubung dengan dunia nyata, something that definitely can be done in the real world (some even seamlessly!)!

Dari skripsiku aku jadi belajar banyak, tidak hanya mengenai kimia komputasional, tetapi juga tentang kehidupan. Apa itu Idealisme, apa itu Practical, kenapa aku harus menyeimbangkan antara keduanya, kenapa teman-temanku lebih mengharapkan aku untuk lebih praktis. Jika aku tidak mengalami semua hal ini mungkin aku tidak akan sampai di sini saat ini, seperti pak Ari, akupun tidak akan menyesali apa yang telah aku lakukan. Banyak orang hebat menjadi hebat bukan karena keberhasilannya yang gemilang. Keberhasilan yang gemilang hanyalah apa yang disorot oleh media, pada kenyataannya orang hebat telah mengalami begitu banyak kegagalan sebelum keberhasilannya. Sayangnya, hal seperti inilah yang membuat kebanyakan orang berpikir bahwa orang hebat tidak pernah gagal. Like I said before, knowledge affect perception.

Right now… I feel like Zuko, who’ve been through so many things until he can become the Fire Lord. A lot of bad things happen, and at that moment I don’t understand the meaning of that. Until I reach a place that I’ve never reach before, then I realize, I would never made it this far if I don’t experience all of those things. God always show you and lead you to the way that you’ve never thought before, an Unthinkable Guidance. In the end, I want my honor back… Since so many people think so bad of me…

April 13th 2010

P.S. There are so many things that I must do to make my work near to perfect: Prolonged Molecular Dynamics to get more protein conformation, using Periodic Boundary Condition in Molecular Dynamics, Antihistamine parameterization, Molecular Dynamics with the antihistamine inside the receptor, ab initio or semi-empiric enery minimization for the protein-ligand complex, virtual screening with decoy to validate the receptor, and many others. But I didn’t do it because I do understand that practicality is important :D
If they were really understand what it takes to be perfect, will they keep telling the same?