Zalihae ~ Digging The (Bitter) Truth :(


They make me envy, oh yes they do… At first I found their recent publication about protein simulation from a certain microorganism. Then about two weeks later as I keep investigating about “that” protein I found another paper from the same group, telling that they found a brand new microorganism, and that organism is the very same organism that produce the protein that’s being simulated. Ah, that’s cool, 2007 they published their finding of the microorganism by screening that microorganism from certain place, then in 2012 they publish the simulation of the protein from that microorganism. And I found that in between they publish few research on “that” protein from that microorganism.

Then I realize my stupidity, “wait a minute” I say, “Shouldn’t they have the crystal structure in order to simulate that protein?”. Or else they have to build a protein model with homology modeling, but in the recent paper they didn’t mention anything about homology modeling. Then I read it more carefully then I found that the protein crystal structure from that microorganism has been solved! Then I checked the PDB just to be shocked by the truth that the crystal structure was solved/published in 2007! What the fuck is going on in here?! Not only that I was shocked, but I was so jealous and ashamed! They’re our neighbor and we’re left behind that much? :(

Forget about them, lets pay attention to India. Just watch how many paper and advance they have made in biotechnology, biochemistry, drug delivery, and medicinal chemistry in this decade!

This is so sad… This is just so sad… :(

And here I stood, just a nobody who could do nothing for his beloved Nation… Well I’m still trying and doing my best here, hope that one day I have the power to rise my country against this era of stupidity and recklessness… Hope yeah, hope is the only luxury I have right now…

 

Bantul, October 28th, 2012

Muhammad Radifar

Drained ~ Maafkan Diriku yang Sedang Malas Berkomunikasi… :|


Kepalaku sakit, amat sakit. Sebenarnya bukan sakit yang sebenarnya, tapi rasanya sangat penuh, lelah, dan tak bertenaga. Karena setidaknya dalam seminggu terakhir aku memfokuskan diri untuk mempelajari pemrograman UI (User Interface) untuk PyPLIF, seharusnya aku mengerjakan PyPLIF namun karena bug-bug pada PyPLIF sudah banyak yang tertangani aku pun beralih untuk mempelajari pemrograman UI. Ceritanya sih lagi ngebet banget buat jualan UI-nya, baik untuk preparasi konfigurasi PyPLIF maupun visualisasi hasil dan analisis statistiknya. Ntar kalau jadi maka akan menjadi software proprietary-ku yang pertama dan akan kujual hahahaha…

Kembali ke cerita awal, dalam seminggu ini aku melakukan banyak sekali perencanaan dan analisa lisensi library (istilah keren dari modul siap pakai dalam dunia pemrograman). Awalnya aku menemukan PyQt yang tampilannya amat cantik dan kaya akan fitur-fitur. Namun tak lama setelah mempelajari PyQt ternyata library ini memiliki dual-license, di mana lisensi GPL PyQt hanya berlaku untuk software yang akan dirilis dalam lisensi GPL juga, padahal softwareku bakal dirilis dalam bentuk proprietary, jadi jelas-jelas gak mungkin pake lisensi GPL yang notabene lisensinya Open Source. Seketika itu juga diriku langsung down, masak iya pakai GTK atau Tkinter yang jelas-jelas tampilannya kurang oke. Bagi orang yang gak biasa ngliat tampilannya GTK atau Tkinter pasti langsung bilang kalau itu gak user-friendly, coba aja liat tampilannya GIMP (yang pake GTK) atau VMD (yang pake Tkinter), kalau orang gak biasa pake yang tampilannya begituan pasti langsung ill-feel hahahaha…

Alhasil diriku beralih ke GTK yang lisensinya LGPL yang bisa digunakan untuk software proprietary, dan setelah belajar GTK beberapa hari aku pun memutuskan untuk mempelajari library UI lainnya, dan aku menemukan satu library yang menarik, yakni PySide. Namanya memang gak terkenal sih, tapi usut punya usut, si PySide ini merupakan kembarannya PyQt, analoginya seperti OEChem library dan OpenBabel library. Kalau si PyQt ini lisensinya GPL maka si PySide ini lisensinya LGPL sehingga bisa untuk software-software proprietary, yippy!!! ^^

Dan demikian hari-hari selanjutnya kuisi dengan mencoba dan berlatih PySide, bahkan dalam 2 hari terakhir sampai bisa menyelesaikan lebih dari 30 example hahaha. Satu hal yang kusuka dari PyQt dan PySide adalah tersedianya Qt Designer yang dapat digunakan untuk mendesain tampilan UI dengan klak-klik klak-klik, atau bahasa kerennya, WYSIWYG (What You See Is What You Get), jadi pemrograman UI dengan PyQt dan PySide jadi jauh lebih ringan :D

Dan harus kuakui… semua latihan yang ekstrim ini benar-benar menghabiskan tenaga yang sangat banyak. Dalam seminggu ini setiap harinya aku menghabiskan waktu paling tidak 3 jam per hari, bahkan kadang sampai lebih dari 6 jam sehari. This is the level of constant exposure that driving me crazy -_- … Satu efek yang benar-benar terasa adalah sulitnya berfokus pada hal yang lain, yes, there’s a trade-off between concentration and context-shifting after all… Pada hari senin aku mencoba-coba jalan baru antara Jakal km 8,6 dan Minomartani (sekitar Plosokuning) dan ternyata diriku mudah linglung dan tersesat di antah berantah -_- … gak gw banget dah! Hari kamis saat buber bareng temen-temen KKN pun diriku juga mudah bingung dan males ngomong, tanda bahwa energi emosional dan mental-ku benar-benar rendah -_- … Dan esoknya pun saat dinner bareng temen-temen Farmasi angkatan ’05 pun juga gitu -_- … dan saking rendahnya energi emosional dan mental-ku sampai-sampai pikiranku dengan mudahnya dimasuki pikiran negatif dan gampang iri sama temen-temenku hadeeeh…

Sampai sekarang pun, ada berapa sms yang dah masuk tapi belum satu pun yang kubalas, maaf maaf, bukannya sombong, tapi diriku benar-benar exhausted… besok insya Allah kubalas…

Muhammad Radifar

August 19th, 2012

P.S. Setelah menulis ini pikiranku sedikit lebih jernih… output memang harus seimbang dengan inputnya :D

(Re)establish ~ Doing Many Things in My Extended Weekend :)


Alhamdulillah, segala puji ke hadirat Allah, Tuhan semesta alam atas selesainya berbagai urusan di bulan ini :). Di akhir bulan ini dua urusan super-duper penting telah berhasil terlalui, yakni admisi S2 dan pengajuan lamaran beasiswa SPs (Sekolah Pascasarjana), tidak lupa kuhaturkan terimakasihku kepada kedua orangtuaku, pak Enade dan bu Nunung selaku orangtua asuhku, dan Adhyatmika, dan teman-teman lainnya yang turut berperan dalam perjuanganku kali ini, atas dukungannya baik moril maupun materiil sehingga semuanya berhasil terlalui dengan cukup lancar.

Cukup melelahkan dan banyak hal yang tak terduga memang, tapi syukur masih diberi kekuatan dan kendali atas kondisi internal maupun eksternal :). Di sisi lain ada gejolak dan mimpi-mimpi yang untuk sementara termampatkan dalam satu sudut di duniaku. Gejolak dan mimpi yang kemudian meledak, yang pada akhirnya melontarkan wacana dalam alam sadarku, wacana itu ialah “I have to disappear for awhile.” hahahaha. Kenapa harus menghilang? Sederhana saja, semakin terhubung diriku dengan dunia luar semakin sulit menjaga integritas duniaku, dunia mentalku. Dan saat integritas duniaku memudar semakin mudah diriku lupa akan siapa diriku. Selain itu belakangan ingatan akan mimpiku semakin jelas terbayang dalam benakku. Mungkin karena sekarang aku sudah mulai kembali ke aku yang dulu, selain itu karena diriku sharing mimpi-mimpiku dengan kawan-kawanku belakangan ini.

Jadi, awalnya, jumat malam itu aku berencana untuk memasang status di facebook bahwa diriku akan menghilang untuk beberapa saat dan tidak ingin dihubungi oleh siapa-siapa. Tapi setelah dipikir-pikir ngapain juga pasang status kek gitu, malah kek mendramatisir keadaan, semacam cari sensasi atau caper, atau malah terlihat lebay hahahaha. So kuputuskan untuk tidak melakukannya.

Hari pertama. Di hari sabtu pagi dimulai dengan membongkar-bongkar tumpukan kertas di kamarku. Ku mencari artikel-artikel enneagram, NAMD, dan photosyntesis. Setelah ketemu kuambil 3 buku berbeda dan kukumpulkan semuanya di ranjangku. Oh ya, 3 buku tadi adalah Chemistry: The Molecular Nature of Matter and Change oleh Silberberg, sebuah buku kimia dasar full-color setebal 1000 halaman yang kubeli saat pameran komputer di bulan Mei lalu, lalu Kamus Lengkap Bahasa Jawa setebal hampir 600 halaman yang baru saja kubeli malam jumat lalu, terakhir adalah The Relationship Cure karya John M. Gottman, Ph.D & Joan De Claire yang kubeli kalau tidak salah saat aku masih SMA dulu.

Sambil menikmati kopi kental buatanku, yang pertama kubaca adalah buku Chemistry-nya Silberberg dan kamus bahasa Jawa, belum lama berselang ternyata ada sambatan di rumah sebelah dan para tetangga maupun teman kantor bapakku sudah pada berkumpul di depan, why now? -_- … Tapi ya mau bagaimana lagi, orang sebentar lagi kita emang dah mau digusur koq, sebenarnya tadinya kita cuman dikasih waktu satu minggu, tapi akhirnya setelah negosiasi panjang kita diberi keringanan waktu satu bulan. Padahal sebenernya rumah kami yang di Bangunharjo Sewon masih belum selesai. Anyway, back to topic, karena acaranya belum mulai jadi kumanfaatkan waktu yang ada untuk mengingat kembali dasar-dasar kimia yang “gagal terserap” atau “tidak teringat dengan baik” semasa SMA atau kuliah dulu. Aku ingin memastikan bahwa saat diriku kuliah S2 nanti diriku sudah memiliki pondasi yang kuat di bidang kimia, selain itu ternyata banyak konsep-konsep dasar kimia komputasi yang aku kurang menguasainya seperti orbital, termodinamika, bentuk molekul, sifat elemen, dll.

Begitu acara sambatan mulai akhirnya mau tidak mau diriku menghentikan, eh menunda perjalanan menuju mimpi-mimpiku halah. Begitu sore tiba dan sambatan selesai maka diriku mandi pagi :D lalu lanjut dengan makan siang. Kemudian karena badan cukup lelah kuputuskan untuk istirahat dulu. Malamnya sedikit menggila, aku pun belajar NAMD dan enneagram di saat yang sama, I think I’ve gained a better multitasking capability, I can use both good focus & good context-shifting now :D. Besoknya akupun juga menyicil belajar photosynthesis dari ebook dan fotokopian buku dari perpustakaan Farmasi UGM.

Dan begitu seterusnya, aku mempelajari beberapa hal berbeda, hal-hal yang kuperlukan untuk menjaga integritas duniaku serta mendekatkanku pada mimpi-mimpiku. Dan karena sabtu dan minggu tidak cukup, kuputuskan untuk menghilang lebih lama lagi, yakni hingga selasa hahaha.

So far sudah banyak yang telah kupelajari, beberapa hal yang terpenting ialah:

  1. Mengingat kembali & mempraktikkan kembali Molecular Dynamics. Hal ini penting karena salah satu passionku adalah protein engineering, dan aku perlu mendalami QM/MM, satu kebodohan yang baru kusadari belakangan ini ialah, untuk mempraktikkan QM/MM kita harus memiliki dasar yang kuat di MD dengan MM.
  2. Lebih aware dalam berkomunikasi dengan orang lain (berkat buku The Relationship Cure). Aku jadi tersadar bahwa seringkali orang memberi sinyal untuk terhubung denganku dan aku seringkali mengabaikannya -_- … hadeh…
  3. Mengingat kembali tipe-tipe Enneagram. I love pattern! Human minds do have pattern ^^ Dan menarik sekali melihat bagaimana orang-orang dengan tipe enneagram yang sama bisa memiliki tampilan yang benar-benar berbeda. Ada begitu banyak warna dalam enneagram, or at least so I believe :)

Menyenangkan rasanya bisa menghilang dari dunia nyata untuk sementara, dan esok, diriku harus kembali ke dunia nyata, sedihnya… :(

June 26th, 2012

Muhammad Radifar